O clube que viria a ser a Sociedade Esportiva e Recreativa Caxias do Sul (S.E.R. Caxias) surgiu em 10 de abril de 1935, resultado da fusão de dois clubes rivais, o Rio Branco e o Rui Barbosa, com a denominação de Grêmio Esportivo Flamengo. Em 14 de dezembro de 1971, devido a dificuldades financeiras, o departamento de futebol uniu-se ao Juventude, que enfrentava situação semelhante. Essa união originou a Associação Caxias de Futebol, nas cores preto e branco, e durou até 1975.
Em 17 de outubro, uma assembleia votou pela troca do nome e a volta da camisa com as cores do Flamengo. Em 28 de novembro do mesmo ano foi aprovada a reforma dos estatutos, onde a Associação Caxias de Futebol ficava desativada e o Grêmio Esportivo Flamengo passava a se chamar Sociedade Esportiva e Recreativa Caxias do Sul. Os empresários da cidade apoiaram financeiramente a equipe, desde que ela levasse o nome da cidade. Nessa mudança voltaram às cores tradicionais do Flamengo: o grená, o azul e o branco.
A construção do Estádio Centenário, em 1976, em sete meses, e a participação do time no campeonato brasileiro, representaram a primeira etapa no trabalho do então presidente e hoje patrono do clube, Francisco Stedile. Time e estádio eram condições fundamentais para a entrada do Caxias no grupo dos grandes clubes do futebol brasileiro. Estádio pronto, time também. O Caxias iniciou sua participação no campeonato mais importante do país como o primeiro representante do interior do Rio Grande do Sul. Naquele ano, o Caxias estreou contra o Santos de Pelé, no Pacaembu. A competição reuniu 54 clubes e o Caxias terminou em 15º lugar, somando 25 pontos. No ano seguinte, o time grená voltou a ter um bom rendimento, ficando em 23º lugar entre 62 equipes. Em 1978, o Caxias teve seu melhor desempenho no campeonato nacional. Numa competição que reunia 74 equipes, o Caxias ficou com a 10º colocação, e por pouco não chegou as quartas de finais.
Em 1991 o Caxias disputou sua primeira Copa do Brasil. Em 1996, conquistou a Copa Daltro Menezes e, em 1998, a Copa Ênio Andrade, lhe dando o direito de disputar a Copa Sul de 1999.
Contudo, foi em 2000 que o clube conquistou o principal título da sua história. Mas a conquista começou muito antes da estreia no Gauchão 2000. O primeiro passo foi dado ainda em janeiro de 1999, quando o clube decidiu apostar no trabalho de longo prazo. No banco de reservas estava Tite, treinador que já começava a ganhar projeção no cenário gaúcho, iniciando um caminho de conquistas no futebol brasileiro. A final do Campeonato Gaúcho de 2000 foi contra o Grêmio. Na primeira partida da final, dia 14 de junho, no Centenário, o Caxias fez 3 a 0. O jogo da volta, marcado inicialmente para um domingo, foi adiado por causa da chuva. Com uma excelente vantagem, o Caxias entrou em campo numa quarta-feira, dia 21 de junho, para sagrar-se campeão. Foi o que aconteceu. A Capital dos gaúchos ficou tomada pelo grená, branco e azul do clube serrano.
No Gauchão, conquistou o título do Interior em 2010, a Taça Piratini de 2012 e, no mesmo ano, o vice-campeonato do Gauchão. Também decidiu a Taça Fábio Koff em 2009. Na Série C, chegou perto do acesso em duas oportunidades. No ano de 2009 o Centenário recebeu 25.128 torcedores, o recorde de público da competição. O empate por 1 a 1 não foi suficiente para reverter à vantagem construída pelo time paulista no primeiro jogo, quando havia vencido por 2 a 0. Em 2013, novamente o Caxias chegou ao mata-mata decisivo da competição. Diante do Luverdense, o time grená acabou sendo derrotado nas duas partidas decisivas e viu adiar o sonho de retornar para à Série B do Campeonato Brasileiro.
No Campeonato Gaúcho de 2014, a equipe grená terminou o Estadual como a melhor equipe da Serra Gaúcha. Com o técnico Beto Campos, ficou na quarta posição na classificação geral, sendo eliminda na semifinal para o Internacional. Em 2016 a recuperação do clube. Após o rebaixamento no ano anterior no Campeonato Gaúcho, o clube grená mostrou sua força. Ao lado da apaixonada torcida, conquistou a Divisão de Acesso e garantiu o retorno à elite do futebol do Rio Grande do Sul.
Primeira partida
Grêmio Esportivo Flamengo
Campeonato de Caxias
Bicampeonato Citadino
Construção da Baixada Rubra
2ª Divisão Campeonato Citadino
Campeonato 2° Divisão
Fita Azul
Campeão Interior do Campeonato Gaúcho
Associação Caxias de Futebol
Nasce a Sociedade Esportiva e Recreativa Caxias do Sul
Primeiro clube do Interior do Rio Grande do Sul a disputar o Campeonato Brasileiro
Construção Estádio Centenário
Primeiro clube do Interior do Rio Grande do Sul disputando a Copa do Brasil
Campeão Gaúcho Juniores
Campeão Copa Daltro Menezes
Campeão Copa Ênio Andrade
Campeão Gaúcho
Grande campanha Série B do Campeonato Brasileiro
Campeão Gaúcho Juniores
Campeão Copa Paulo Rogério Amoretty
Campeão Interior do Gauchão
Vice-campeão Gaúcho
Campeão Copa Piratini
Campeão da Divisão de acesso do Campeonato Gaúcho
Campeão do Interior do Campeonato Gaúcho
Volta às competições nacionais
Campeão do Interior do Campeonato Gaúcho
Ewaldo Poeta 2020 (1º Turno Gauchão)
Vice-Campeão Gaúcho 2020
Vice-Campeão Gaúcho 2023
Acesso para a Série C - 2024